Он был учреждён 26 февраля 1969 года решением Волгодонского исполкома городского совета депутатов трудящихся как краеведческий музей. В начале девяностых был переименован в эколого-исторический и передан в областное подчинение. Три года назад музей переехал в трёхэтажную новостройку, в которой расположились 12 экспозиционных помещений и конференц-зал.

Выставочный стенд экспозиции Археологические памятники восточного региона Ростовской области.
В настоящее время его фондовое собрание составляет более 100 тысяч единиц, ежегодная посещаемость - более 120 тысяч человек. Ежегодно в музее «работают» 14 экспозиций, формируется 25 - 32 временных выставок. Всё это создаётся силами  78 профессиональных музейных работников, 26 из которых – научные сотрудники.  

Помимо выставочной деятельности коллектив музея поучаствовал в Фестивале музеев Дона, посвященном Году экологии, в научно-практической конференции «Проблемы экологии восточного региона Ростовской области и г. Волгодонска», в гражданском форуме по развитию туристического кластера восточного региона области с проведением научно-краеведческой конференции «Великий шелковый путь.